神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术，逼迫其加入，教授拒绝而遭袭击，儿子神敬介也被杀害，身受重伤的父亲为了让儿子复活，不顾自己的伤势，亲自执刀为儿子进行改造手术。敬介醒来后，父亲已死，透过计算机留言，敬介了解GOD欲危害世界的阴谋，于是背负起对抗邪恶的责任，成为第五号的假面骑士·假面骑士

为调查某起神秘事件，葛叶紘汰（佐野岳 饰）潜入诡异凶险的海姆冥界之森调查。途中，他目击一位少年遭到巴丹帝国的怪人袭击。当他正打算变身铠武之际，有一个宛如武士风格的男人突然出现，大喊一声`变身`，随即以假面骑士1号的形象出现，原来他就是传说中的男子本乡猛（藤冈弘 饰）！假面骑士1号以迅雷不及掩耳的速度